Церковь была построена по заказу царевны Софьи Алексеевны над святыми (северными) воротами монастыря. Изящный, лёгкий, украшенный белокаменной резьбой храм, кажется парящим над обителью. Его высокий четверик с тремя рядами окон завершается белокаменными раковинами и пятью фигурными главками на гранёных барабанах. В Преображенской церкви сохранился иконостас работы Карпа Золотарёва. Особой тонкостью письма отличаются иконы местного ряда.
К церкви примыкают нарядные двухэтажные палаты. Первоначально они строились для царевны Екатерины Алексеевны и надвратная церковь являлась «домовым» храмом. Палаты стали называться Лопухинскими по имени первой жены царя Петра I, которая жила здесь в 1727 -1731 гг.
